การประชุม ASEAN Conference on Traditional Medicine จัดขึ้นครั้งแรก ภายใต้ชื่อ “Conference on Traditional Medicine in ASEAN Countries: Regional Cooperation on Traditional Medicine Towards Its Utilization on the National Healthcare Systems and the Primary Health Care” เมื่อปี พ.ศ.2552 ณ โรงแรม โซฟิเทล เซ็นทารา แกรนด์ กรุงเทพฯ ด้วยการริเริ่มของกรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก กระทรวงสาธารณสุข โดยได้รับการสนับสนุนงบประมาณการจัดการประชุมจากกองทุนภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย และมูลนิธินิปปอน (The Nippon Foundation) ซึ่งเป็นมูลนิธิการกุศลของเอกชนที่สำคัญของประเทศญี่ปุ่นที่อาสาให้การสนับสนุนกิจกรรมด้านการแพทย์ดั้งเดิมของอาเซียนอย่างต่อเนื่องเป็นเวลา 5 ปี ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2552-2556

        การประชุมในครั้งนี้ได้เปิดโอกาสให้เจ้าหน้าที่จากภาครัฐและนักวิชาการจากหน่วยงานด้านการแพทย์ดั้งเดิมของประเทศสมาชิกอาเซียน 10 ประเทศ ได้แก่ บรูไนดารุสซาลาม กัมพูชา ลาว อินโดนีเซีย เมียนมา มาเลเซีย ฟิลิปปินส์ เวียดนาม สิงคโปร์ และไทย ได้ร่วมกันประชุมปรึกษาหารือทางวิชาการทั้งในด้านวิทยาศาสตร์และสังคมศาสตร์ เพื่อส่งเสริมให้มีการใช้ยาจากสมุนไพรทั้งในระบบบริการสาธารณสุขและในระดับสาธารณสุขมูลฐาน และเป็นเวทีให้ผู้แทนจากประเทศสมาชิกอาเซียนและผู้เข้าร่วมประชุมชาวไทย ได้แลกเปลี่ยนประสบการณ์และเรียนรู้จากวิทยากรรับเชิญจากประเทศจีน เกาหลี ญี่ปุ่น อินเดีย และศรีลังกา และจากผู้แทนองค์การอนามัยโลก และสำนักเลขาธิการอาเซียน รวมทั้งส่งเสริมความร่วมมือในการวิจัยและพัฒนายาแผนดั้งเดิมเพื่อพัฒนาคุณภาพของยาและวิธีการรักษาด้วยการแพทย์แผนดั้งเดิม และแนวทางในการส่งเสริมใช้ยาแผนดั้งเดิมและยาจากสมุนไพร ผลจากการประชุมดังกล่าวทำให้เกิด “Bangkok Declaration on Traditional Medicinein ASEAN” ขึ้น

        การประชุม ASEAN Conference on Traditional Medicine ในครั้งนั้น ประสบความสำเร็จอย่างงดงาม และได้รับความร่วมมือจากประเทศสมาชิกอาเซียนเป็นอย่างดี โดยประเทศเวียดนามได้เสนอตัวเป็นเจ้าภาพจัดการประชุม The 2^nd Conference on Traditional Medicine in ASEAN Countries ภายใต้หัวข้อ Integration of Traditional Medicine into the National Health Care Systems- Towards Feasible Models in the ASEAN Countries ในปีถัดมาพร้อมกับการประชุม The 1^st ASEAN Task Force on Traditional Medicine Meeting เพื่อเจรจาความร่วมมือระหว่างประเทศสมาชิกอาเซียน ซึ่งในการประชุมครั้งนั้น ทำให้เกิด “Hanoi Declaration on Traditional Medicinein ASEAN”  ขึ้น

        แต่อย่างไรก็ดี ผู้แทนจากสำนักเลขาธิการอาเซียนเห็นว่าการเจรจาความร่วมมือระหว่างประเทศสมาชิกอาเซียนที่เวียดนามยังไม่บรรลุวัตถุประสงค์เท่าที่ควร ดังนั้น เพื่อให้ความร่วมมือด้านการแพทย์ดั้งเดิมในภูมิภาคอาเซียนมีความเข้มแข็งและยั่งยืนมากยิ่งขึ้น ควรมีการประชุมเพื่อจัดตั้งคณะทำงานด้านการแพทย์ดั้งเดิม และทำแผนงานความร่วมมือทางด้านการแพทย์ดั้งเดิมของประเทศสมาชิกอาเซียนโดยเฉพาะขึ้น เพื่อเสนอให้เจ้าหน้าที่อาวุโสอาเซียนด้านการพัฒนาสาธารณสุข (Senior Official Meeting on Health Development/SOMHD) พิจารณาและรับรองอย่างเป็นทางการต่อไปในการประชุม SOMHD ครั้งที่ 6 ซึ่งจะจัดในปีเดียวกัน

        ด้วยเหตุนี้ ประเทศไทยจึงเสนอตัวเป็นเจ้าภาพจัดการประชุม The Planning Meeting of The ASEAN Task Force on Traditional Medicine ในปี พ.ศ.2554 เพื่อสนับสนุนให้เกิดความร่วมมืออย่างเป็นรูปธรรมมากยิ่งขึ้น

        การประชุมในครั้งนั้นทำให้เกิดคณะทำงานด้านการแพทย์ดั้งเดิมอาเซียน (ASEAN Task Force on Traditional Medicine: ATFTM) ร่างขอบเขตงาน (TOR) ของคณะทำงาน และแผนความร่วมมือด้านการแพทย์ดั้งเดิมที่ระหว่างปี พ.ศ. 2554-2558 (ค.ศ. 2011-2015) เพื่อดำเนินงานให้บรรลุเป้าประสงค์ข้อ B4 ข้อย่อย VII และ XVIII ของ ASCC Blueprint โดยแบ่งความร่วมมือเป็น 5 ด้าน ภายใต้ความรับผิดชอบหลักของประเทศนำ (lead country) ในแต่ละด้านต่อไปนี้

        1. การผสมผสานการแพทย์ดั้งเดิม การแพทย์เสริม และการแพทย์ทางเลือกที่ปลอดภัย มีประสิทธิผล และมีคุณภาพ เข้าสู่ระบบบริการสุขภาพแห่งชาติและระบบอื่น ๆ ในระดับภูมิภาค (ประเทศนำ: เวียดนาม)

        2. การแลกเปลี่ยนข้อมูลงานวิจัยด้านความปลอดภัย ประสิทธิผล และคุณภาพของสมุนไพรและยาแผนดั้งเดิมในกลุ่มประเทศสมาชิกอาเซียน (ประเทศนำ: มาเลเซีย)

        3. การส่งเสริมการใช้การแพทย์ดั้งเดิม การแพทย์เสริม และการแพทย์ทางเลือก (ยาสมุนไพร & วิธีบำบัด) ในสาธารณสุขมูลฐาน (ประเทศนำ: ประเทศไทย)

        4. การให้ความรู้ด้านการแพทย์ดั้งเดิมแก่บุคลากรด้านสาธารณสุข (ประเทศนำ: เมียนมา)

        5. การผลิตงานวิจัยทางด้านความปลอดภัย ประสิทธิผล และคุณภาพของการแพทย์ดั้งเดิม (ประเทศนำ: อินโดนีเซีย) 

        นับแต่นั้นมา การประชุม ATFTM ได้จัดต่อเนื่องกับการประชุม ASEAN Conference on Traditional Medicine ทำให้คณะทำงานของแต่ละประเทศได้มีโอกาสนำเสนอความก้าวหน้าตามแผนงานที่ตนเองรับผิดชอบให้แก่ประเทศสมาชิกได้รับทราบ

        ปี พ.ศ.2556 ประเทศเมียนมาไม่พร้อมจัดประชุม The Fifth Conference on Traditional Medicine in ASEAN Countries จึงขอเลื่อนการจัดประชุมเป็นปี พ.ศ.2557

        อย่างไรก็ตาม สำนักเลขาธิการอาเซียนขอให้เมียนมาจัดการประชุม The Fourth Meeting of the ASEAN Task Force on Traditional Medicine เพื่อติดตามความก้าวหน้าของแผนงานด้านการแพทย์ดั้งเดิมตามที่ได้ตกลงกันไว้ใน TOR เมียนมาจึงจัดการประชุม The Fourth Meeting of the ASEAN Task Force on Traditional Medicine ในปี 2556 และจัดการประชุม The Fifth Conference on Traditional Medicine in ASEAN Countries และ The Fifth Meeting of the ASEAN Task Force on Traditional Medicine ในปี พ.ศ.2557 โดยเมียนมาเป็นประเทศสุดท้ายที่ได้รับงบสนับสนุนจากมูลนิธินิปปอน

        ปี พ.ศ.2558 ประเทศไทยเห็นว่าแผนความร่วมมือด้านการแพทย์ดั้งเดิมกำลังจะสิ้นสุดลง และในขณะนั้นได้มีการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของคณะทำงานภายใต้ SOMHD ไทยจึงเสนอตัวเป็นเจ้าภาพจัดการประชุม ATFTM Post-2015 Planning Meeting ขึ้นเมื่อวันที่ 30 มีนาคม 2558 เพื่อให้ประเทศสมาชิกอาเซียนได้หารือและจัดทำร่าง goal/target และ regional Strategy สำหรับสาขาการแพทย์ดั้งเดิม ซึ่งเป็น 1 ใน 21 ประเด็นสุขภาพ (health priorities) ที่สำคัญ และภายหลังปี ค.ศ. 2015 (พ.ศ.2559) จะถูกจัดให้อยู่ในกลุ่ม Cluster ที่ชื่อว่า Strengthening health system and access to care การประชุมดังกล่าวเป็นผลดีผลดีแก่สาขาการแพทย์ดั้งเดิม เนื่องจากกระทรวงสาธารณสุข ประเทศไทย จะจัดการประชุม 3^th SOMHD Work Group Meeting on ASEAN Post-2015 Health Development Agenda ระหว่างวันที่ 7-8 เมษายน 2558 ณ โรงแรมเดอะ สุโกศล กรุงเทพฯ เพื่อให้คณะทำงานจากประเทศสมาชิกอาเซียนในสาขาสาธารณสุขได้พิจารณา goal/target ของ health priorities สาขาต่าง ๆ รวมถึงการพิจารณาร่าง Working Mechanism ที่เกี่ยวข้อง ซึ่งสาขาการแพทย์ดั้งเดิมได้ goal/target และ regional Strategy จากผู้แทนของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องโดยตรงแล้ว