(1) ดำเนินการพัฒนาวิชาการ การจัดการความรู้ และจัดระบบคลังความรู้ด้านการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย การแพทย์ทางเลือก และสมุนไพร

(2) แปลงนโยบายระดับชาติและระดับกระทรวงด้านการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย การแพทย์ทางเลือก และสมุนไพร ไปสู่การปฏิบัติ และจัดทำแผนยุทธศาสตร์ แผนปฏิบัติราชการ แผนงบประมาณ รวมทั้งเร่งรัด ติดตาม และประเมินผลการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง

(3) เป็นศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและศูนย์บริการข้อมูลข่าวสารและวิชาการด้านการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก และสมุนไพร

(4) กำหนดทิศทาง ประสานความร่วมมือเครือข่ายการผลิต พัฒนามาตรฐานการผลิต และพัฒนากำลังคนด้านการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือกในระบบสุขภาพ

(5) ถ่ายทอดองค์ความรู้และเทคโนโลยีด้านการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือกให้กับบุคลากรในระบบสุขภาพ

(6) ดำเนินการสื่อสาร เผยแพร่และประชาสัมพันธ์เกี่ยวกับการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย การแพทย์ทางเลือกและสมุนไพรหรือผลิตภัณฑ์ที่เกี่ยวข้อง

(7) เสริมสร้างการมีส่วนร่วมในการพัฒนาวิชาการและแผนงานกับภาคีเครือข่าย

(8) ประสาน สนับสนุน และพัฒนาความร่วมมือระหว่างประเทศด้านการแพทย์แผนไทยกับหน่วยงานการแพทย์ดั้งเดิมของประเทศอื่น และหน่วยงานระหว่างประเทศที่เกี่ยวข้อง

(9) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย