กองวิชาการและแผนงาน มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(๑) ดำเนินการพัฒนาวิชาการ การจัดการความรู้ และจัดระบบคลังความรู้ด้านการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย การแพทย์ทางเลือก และสมุนไพร
(๒) แปลงนโยบายระดับชาติและระดับกระทรวงด้านการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย การแพทย์ทางเลือก และสมุนไพร ไปสู่การปฏิบัติ และจัดทำแผนยุทธศาสตร์ แผนปฏิบัติราชการ แผนงบประมาณ รวมทั้งเร่งรัด ติดตาม และประเมินผลการปฏิบัติงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
(๓) เป็นศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและศูนย์บริการข้อมูลข่าวสารและวิชาการด้านการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก และสมุนไพร
(๔) กำหนดทิศทาง ประสานความร่วมมือเครือข่ายการผลิต พัฒนามาตรฐานการผลิต และพัฒนากำลังคนด้านการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือกในระบบสุขภาพ
(๕) ถ่ายทอดองค์ความรู้และเทคโนโลยีด้านการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือกให้กับบุคลากรในระบบสุขภาพ
(๖) ดำเนินการสื่อสาร เผยแพร่และประชาสัมพันธ์เกี่ยวกับการแพทย์แผนไทย การแพทย์พื้นบ้านไทย การแพทย์ทางเลือกและสมุนไพรหรือผลิตภัณฑ์ที่เกี่ยวข้อง
(๗) เสริมสร้างการมีส่วนร่วมในการพัฒนาวิชาการและแผนงานกับภาคีเครือข่าย
(๘) ประสาน สนับสนุน และพัฒนาความร่วมมือระหว่างประเทศด้านการแพทย์แผนไทยกับหน่วยงานการแพทย์ดั้งเดิมของประเทศอื่น และหน่วยงานระหว่างประเทศที่เกี่ยวข้อง
(๙) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
